判断贝达喹啉耐药，需要“表型-基因型-临床”三条线同时看，缺一不可；任何单一线索阳性都不能直接宣判耐药，但满足下列任一组合即可认定为“确证耐药”并立即停药改方案。

表型药敏“金标准”
① 7H9微量肉汤稀释法：MIC ≥ 0.25 μg/ml
② MGIT960 液体系统：MIC ≥ 1 μg/ml
只要实验室质控合格，上述阈值就是 WHO 2022 认可的“临界浓度”，达到即可判定为非敏感株 。

基因型证据（突变+频率）
靶基因突变且频率≥10% 时，与表型吻合度>90%，可视为“分子耐药”：
Rv0678（外排泵调控基因）：Ser53Pro、C151T、19delG、M146T 等热点突变最常见；
atpE（ATP 合酶 c 亚基）：Val75Gly、Leu59Pro 等罕见，但一旦出现几乎均伴随 MIC 升高；
pepQ：目前仅发现同义突变，临床意义尚不明确 。
若突变频率<1%，需警惕“微异质性耐药”，建议结合深度测序或重复培养确认 。

临床-微生物学失败
规范治疗 8–12 周后痰培养仍阳性，或阴转后再次阳转，且重复 DST 显示 MIC 升高或新出现上述突变，即可判定“获得性耐药” 。

交叉耐药提示

同一分离株若同时对氯法齐明 MIC≥1 μg/ml 且检出 Rv0678 突变，应高度怀疑贝达喹啉-氯法齐明交叉耐药，需立即复核 BDQ 表型 。

操作顺序建议
① 治疗前留基线菌株，同时做 DST+WGS；
② 治疗第 2、4、6 个月重复培养，若仍阳性即复测 MIC 与突变；
③ 一旦“表型≥临界值+突变阳性”或“表型升高≥4 倍+临床失败”，即确诊耐药。

简言之：
MIC 升高到阈值以上，或
检出已知 Rv0678/atpE 突变且频率≥10%，且培养持续阳性
即可判断为贝达喹啉耐药，应立即停药并重新设计方案